Antiguo apellido de origen navarro, procedente de la voz vasca –irigoyen-, “poblado o villa de arriba”, “helechal de arriba”.
Hoy día es más frecuente la forma de escritura Irigoyen, apellidándose Yrigoyen algunas familias dispersas por Navarra, País Vasco, Madrid, Barcelona, La Rioja, Álava, Lugo, etc. Los Irigoyen, por su parte, viven, en su mayor parte, en Navarra y País Vasco.
Señala Mogrobejo que tuvieron los de este apellido antiguas casas solares en distintos lugares de Navarra, siendo una de las más antiguas la que estuvo en el lugar de Añoa, del partido judicial de Pamplona, y situada al pie o falda del Pirineo.
En Guipúzcoa se documenta a los Irigoyen (Yrigoyen), al menos, desde el siglo XV, pues Lope Ibáñez de Irigoyen, Escribano, fue Alcalde de Villarreal en 1463, y Miguel, Lope, Martín, Ochoa y Martín Pérez de Irigoyen, eran vecinos de Villarreal en 1472. También de Villarreal fue Martín Ochoa de Irigoyen, Artillero de S. M., en 1525.
Muchos de este apellido vieron reconocida su nobleza por las Juntas Generales de Guipúzcoa y por las Cortes de Navarra. Otros probaron su nobleza ante la Real Chancillería de Valladolid, como Juan José de Irigoyen e Iribarren, vecino de El Ferrol (Galicia), en 1794.

Armas.- El “Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica” recoge para Yrigoyen, en primer lugar: Partido. 1.º: En plata, una imagen de san Juan Evangelista, sosteniendo en la mano siniestra una cáliz de oro, del que sale una sierpe, de sinople. 2.º: En gules, tres castillos, de plata, bien ordenados.

Apellido de origen vasco hay una controversia en la escritura del apellido , los Yrigoyen son de la parte vasca-francesa y los Irigoyen vasca-española