Apellido de origen toponímico, relativamente frecuente y repartido por toda España, hallándose sus principales asientos en las provincias de Barcelona y Valencia, a las que siguen las Comunidades y provincias de Jaén, Madrid, Murcia, Zaragoza, Navarra, Huesca, Gerona y Alicante. Bayona o Baiona la Real es una villa de Pontevedra, La Bayona es un municipio de Toledo, y Bayona (Bayonne) es una ciudad del sur de Francia. El apellido, en general, procede de la villa francesa de Bayona, pasando a España a través de Aragón, Navarra y el País Vasco. El filólogo Gutierre Tibón dice que los eusquerólogos sugieren para el topónimo y apellido Bayona la etimología –ibai-, “río” y –ona-, “colina”: “colina del río”. Familias Bayona pasaron desde Aragón a la repoblación del antiguo reino de Valencia, levantando casas en Alzira (1342) y Ador (La Safor) (1373). Según el censo aragonés del año 1495 había casas de Bayona en Zaragoza, Calatayud, Cervera de la Cañada, Tarazona, Graus, Albalat de Cinca, Ossó, Fantova y Aler. Los Bayona navarros tuvieron notables casas en Pamplona, Aoiz y Tafalla. A mediados del siglo XV era cabeza de la rama de la casa vizcondal de Bayona, el Magnífico Juan de Bayona, que casó con doña María Miguel de Berrant, siendo Señores de Rocafort. Martín de Bayona y Berrant, vecino de Pamplona, perteneció al Consejo del Rey Carlos V y fue, en 1560, Decano y Regente del Consejo de Navarra y fundador del mayorazgo de Bayona en Pamplona. Pedro Bayona y Villanueva, natural de Alfaro (La Rioja), probó su nobleza para ingresar en la Orden de Santiago (1674), y en la Orden de San Juan de Jerusalén (1566). Ante la Real Chancillería de Valladolid probaron su hidalguía el Licenciado Bayona (Llamado también Diego Gascón), vecino de Calahorra (La Rioja), en 1542, y Juan de Bayona Marañón, vecino de Laredo (Cantabria), en 1582.
Armas.- El “Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica” recoge, en primer lugar: En campo de plata, una faja de gules, acompañada en lo alto de un árbol, de sinople, con dos lobos, de sable, al pie del tronco, parados y afrontados, y en lo bajo, de otro lobo del mismo color. Bordura de sinople y una segunda bordura de gules.
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