Este apellido data de la época de la conquista, se desconoce oficialmente su origen. El apellido Quinatoa está dividido en dos morfemas /Quina-Toa/ Quina, su nombre vulgar en castellano según el Diccionario de la Real Academia Española, viene del pueblo Chinchón en la comunidad de Madrid. Por otro lado 'Toa' de origen Carán por la princesa Toa última descendiente directa de la dinastía Shiri del pueblo de los Shyris (Shiris, Schyris o Scyris) al comienzo se llamaban caras, y arribaron a la costa de Ecuador (provincia de Manabí), que posteriormente llegaron a la sierra andina norte de Ecuador cerca de Quito y conquistaron los pueblos de la sierra andina-norte.