Procede del topónimo Moratalla, nombre de una población de Murcia, en el partido judicial de Caravaca, en Córdoba hay otra Moratalla, que quizás también tenga relación con el apellido. El étimo parece ser el latín muratella, diminutivo de murata, «muralla, amurallada».

El nombre de las poblaciones fue tomado como apellido por individuos que eran originarios de las mismas, según costumbre muy extendida en la Edad Media para indicar el origen geográfico de las personas. En Aragón tuvieron casa solar.

El apellido es poco frecuente y repartido por España, si bien se registra sobre todo en Valencia, Madrid, Cuenca, Barcelona, Alicante y Albacete, siendo menor su presencia en Málaga, Murcia, Castellón, Baleares, Cádiz, Almería, Granada y Tarragona, entre otras comunidades y provincias.

Hubo por tanto distintas casas solares de Moratalla, no emparentadas entre si. Una de ellas, antigua y de probada nobleza, hubo en al villa de Láujar (Almería), de la que descendió, Juan de Yaguas Moratalla, vecino de Láujar, que vio reconocida su nobleza en el año 1806, por la Real Chancillería de Granada.

En campo de gules, un castillo de piedra, y saliendo de su homenaje, un brazo armado, de plata, empuñando una espada desnuda, del mismo metal; el jefe de púrpura, con cuatro fajas, de plata: bordura de plata, con nueve cruces floreteadas, de sinople.

Los de Aragón traen: Escudo partido: 1º, en campo de gules, un castillo, de plata, en cuyo homenaje hay un hombre armado, de plata, con una espada del mismo metal en su mano derecha, y 2º, en campo de oro, un roble, de sinople; en punta, y debajo de los dos cuarteles, ondas de plata y azur.

Otros traen: Contrapalado de plata y azur. 

Otros traen: Escudo cuartelado: 1º y 4º, en oro, una caldera, de sable, y 2º y 3º, jaquelado de plata y azur.