El apellido Isoba es de origen Navarra y su significado es 'Abajo del juncal. Roncal'.
ISO: Lugar de abundantes juncos.
segun el libro 'Nuestros abuelos vascos: Inmigración vasca en el rio de la plata' de Alberto Sarramone.
pagina 296 y 380.

El apellido ISOBA aparece recogido por el Cronista y Decano Rey de Armas, Don Vicente de Cadenas y Vicent, en su 'Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica', eso significa que el linaje ISOBA tiene armas oficiales certificadas por Rey de Armas. Dicho Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica es la mayor obra de heráldica española, donde aparecen los apellidos con su heráldica como el apellido ISOBA ordenados alfabéticamente, con sus escudos. En dicha obra se han incluido el contenido de muchos manuscritos de la Biblioteca Nacional de Madrid y correspondientes a Minutarios de Reyes de Armas y recoge apellidos que como ISOBA son españoles o muy vinculados por unas u otras razones a España, por lo que los del apellido ISOBA están en esta tesitura. También se suman millares de escudos heráldicos y heráldica procedentes de varias Secciones del Archivo Histórico Nacional, así como de la Real Chancilleria de Valladolid.

El Blasonario de la Consanguinidad Ibérica, donde aparece la heráldica de ISOBA, consta de 7 tomos, comenzando el primero en el ano 1979 y el ultimo en el ano 1997, siendo sus autores Ampelio Alonso de Cadenas, el Rey de Armas Don Vicente de Cadenas y Vicent (máxima autoridad de heráldica) y Liliana Ruiz Carrasco Recopila un conjunto de armas procedentes de diferentes archivos españoles, otras de piedras armeras, muchas de pasaportes militares y las mas de nobiliarios, como el apellido ISOBA correspondientes a un linaje cuyo origen o radicación se señala, pero sin atribución especifica a una determinada familia. Comprende apellidos como ISOBA de una extensa geografía universal pero que formaban parte de la Comunidad Ibérica.

Según el tratadista Carlos Platero Fernández, en su obra 'Los Apellidos en Canarias', el apellido ISOBA tiene rama en las Islas Canarias. En esta obra, Carlos Platero Fernández recoge la heráldica e historia de muchos apellidos que provienen de otros lugares de España y de Europa, como seguramente es el caso del apellido ISOBA y que se asentaron en Canarias. Se recogen diferentes grafías de apellidos, así que es posible que el apellido ISOBA tenga alguna grafía diferente.

El apellido ISOBA figura en la obra 'Heráldica de los apellidos canarios' de Lino Chaparro D`Acosta, por lo que ISOBA es un apellido que tiene rama en las Islas Canarias. La conquista del archipiélago se había iniciado, formalmente, en 1402, con las incursiones de Jean de Bethencourt y Gadifier de la Salle, en nombre de Enrique III, en Lanzarote, Fuerteventura y El Hierro, tierras que anexionaros con cierta facilidad a Castilla. Fernan Peraza hizo lo propio con La Gomera.

Tenerife es la ultima isla que se conquista, ya para los Reyes Católicos. Asi pues, los apellidos como ISOBA tienen historia y heráldica en Canarias. A lo largo del tiempo, Canarias ha estado unida a América como paso obligado de las naves hacia el nuevo continente. Los canarios participaron activamente, como colonos, en el nacimiento de naciones y ciudades. Fueron familias isleñas quienes fundaron las ciudades de Montevideo y de San Antonio de Texas - en la lista de defensores del Álamo abundan los ISOBA apellidos canarios; así pues, muchos apellidos, como es posible que sea el apellido ISOBA pasaron a América.

Parece ser que este apellido tiene su origen en Navarra que tomo su nombre del lugar Isoba,situado en el valle del Roncal, del partido Judicial de Pamplona y provincia de Navarra. Este apellido esta inscrito en la corte de Justicia de Aragon como prueba de infanzonería de don Martín alias "el Navarro". También tuvo sentencia de infanzoneria en la Real audiencia de Zaragoza por el año 1567. En el expediente de Hidalguía de la Real Cancilleria de Valladolid se menciona a don Juan de Isoba vecino de Villaviciosa donde nació en 1769.

Creo que la información dada sobre Navarra no es correcta, es ISABA el nombre del valle navarro.
En cuanto al origen, supongo que tendrá algo que ver con el pueblo y el lago que hay en el norte de la provincia de León de nombre ISOBA y que linda con la provincia de Asturias.