Un visitante nos comentan:

Su origen tiene lugar en el país vasco. La forma estructural de las viviendas y la sociedad en este lugar en la época medieval se centraba en los "baserri" o caseríos. Un pueblo podía tener pocos habitantes pero la situación de los baserris conformaba un gran terreno pues éstos no se enconraban uno al lado del otro, sino separados entre sí por grandes hectáreas de labranza. Las propiedades eran heredadas por el primogénito siendo siempre de la misma familia. El apellido de las familias, generalmente en el país vasco, tiene significado con la situación que tenían estos baserris. Así, traduciendo el apellido Goikoetxea (goiko=arriba, etxea=casa) se podria decir "la casa de arriba", suponiendo de esta manera que el baserri se encontraba en el lugar más alto de cualquier pueblo, de ahí también que sea tan común.
Se pueden encontrar varias formas de escribir este apellido. Cuando Franco ganó la guerra civil en España prohibió cualquier forma de escritura vasca, mandando escribir todos los apellidos en letras castellanas, de ahí que una versión, la mas extendida, sea con "c" y "ch" (Goicoechea), tras la muerte de franco hubo muchos intentos de volver a poner en vasco el apellido, siempre con las trabas que suele poner las secretarías del estado, dando orígen a mas formas (Goikoechea, Goicoetxea). Pero la forma original que se ha ido escribiendo durante generaciones es "Goikoetxea".