Es un apellido de origen italiano, proviniendo específicamente de una población llamada Bene Vaggiena, en la provincia de Cuneo, región de Piemonte.

Sus orígenes datan de la Edad Media, hacia el año 500 y es un apellido ocupacional. Durante la Edad Media, se fabricaban toneles, unos recipientes en los que se transportaban líquidos y sólidos, tales como vino, agua, miel, pólvora, granos, sal y azúcar.

Boterus es la denominación que se daba a las personas que fabricaban los toneles.

Este apellido tuvo su fundación en la República de Colombia, tras el arribo del genovés Giovanni Andrea Botero Bernavi (Juan Andrés, en lengua castellana) desde Cádiz a la ciudad de Cartagena, Virreinato de la Nueva Granada hacia el año 1715, quien trabajó al servicio de la Corona Española como artillero naval.

Hacia el año 1715, Giovanni Andrea (escrito como Juan Andrés en lengua castellana) logró obtener un permiso al Virrey de la Real Audiencia Española para quedarse en el territorio del Virreinato de la Nueva Granada (hoy en día Colombia) y se asentó en el Valle de San Nicolás, Rionegro, Antioquia. Allí se casó con la señora María Antonia Mejía Somoano el 26 de junio de 1719, con quien tuvo amplia descendencia, fundando así la familia Botero en el actual territorio colombiano.