En Escocia, los apellidos comenzaron a usarse en el siglo Xl y fue una costumbre introducida por los normandos y resistida al principio por los escoceses.
Thompson es un apellido de origen familiar. Este tipo de apellidos era muchas veces heredado de un ancestro común y tomado colectivamente por los integrantes de un grupo familiar. En este caso, el nombre significa "hijo de Tom". El clan Mac Thomhais anglinizó su apellido como Thompson.
Thomas fue originalmente un nombre de origen bíblico que significa "gemelo" y se hizo muy popular debido a que así se llamaba uno de los discípulos de Jesucristo.
Las referencias más antiguas del apellido Thompson aparecen en documentos escoceses del siglo XlV donde registros muestran que John Thompson, un hombre de origen humilde pero de probado valor, era el líder de los hombres de Carrick en la guerra de Kylnekylle, Ayrshire, por los años 1370 al 1380.
En Irlanda, este apellido fue introducido por inmigrantes llevados al país como agricultores, arribados a la provincia del Ulster en el siglo XVll.