Zuzunaga es un apellido vasco que proviene de la palabra zun-zun, que significa "álamo o temblón". Es una variante del apellido Susunaga. En España, Zuzunaga es considerado uno de los apellidos más raros.

Zuzun: Alamo trémulo. aga: indica abundancia.

zuzunaga, susunaga, sesumaga, esesumaga son otras formas en que se registró este apellido que surge en el valle del txorierri,Bizkaia, en la segunda mitad del siglo XII; estas variantes perduran en la actualidad.
Doña Mari Ochoa de Basurto y Susunaga es, según Lope García de Salazar, la primera señora del solar de Susunaga, de la que tengamos constancia. El linaje de Çuçunaga, lo fundó Fortund Sánchez de Zamudio, primer Señor de la casa Susunaga. Patronos diviseros de San Juan de Bautista, Sondica.