Apellido, bastante frecuente y repartido por toda España, procedente del nombre bíblico Juan, que lo fue de varios santos, en especial de san Juan Bautista, lo que motivó su gran popularidad entre los primeros cristianos. Hubo distintas casas del apellido Sanjuan (contracción de san Juan), no emparentadas entre sí, en Euskadi, Castilla, Valencia, Catalunya, Andalucía, etc. El nombre Juan proviene del hebreo –Yehojanan-, con el significado es el de “Yahvé es benéfico”.

En Catalunya, Valencia y Mallorca se ha venido escribiendo, desde tiempos antiguos, como Santjuan/Santjoan/Sanjuan/Sanjoan, con claro predomino de la forma Santjoan/Sanjoan.

Berengario, Pedro y Bernardo de Santjoan, oriundos de Aragón, acompañaron al rey don Jaime I en la conquista de Mallorca y allí fueron heredados en premio a sus servicios. Al primero se le asignó, en el reparto general de tierras, la alquería «Buclus», de cinco yugadas, en el término de Inca; el segundo quedó establecido en Petra, y el tercero formó parte de la comitiva del rey, siendo premiado con largueza.

En 1310 era Gobernador de aquel reino Berengario de Santjoan.

En Cataluña tuvo casa solar en la villa de Montblanc (Tarragona).

En Valencia hubo casas de Sant Joan, Sanjoan o Sanjuan en Catí (1240), Montcada (1247), Pego (1279-86), Valencia (1306-16), Salzadella (1323), Benicarló (1358-66), Benissa, Guadalest (1381), Forcall (1396), Vila-real (1415), etc.

En Aragón, según consta en el censo de hogares de 1495, había veintinueve casas de San Joan, San Juan, etc.

En Navarra también es antigua la presencia de familias Sanjuan.

Armas:
En campo de gules, una cruz, de plata.

En campo de plata, un águila de sable, picada y membrada de gules, y bordura dentellada lisa de gules.

De plata, una águila de sable.

En campo de oro, tres fajas de sable.

De oro, con dos fajas de sable.

De oro, con dos fajas de gules.

En campo de azur, un libro de plata, cerrado, con una cruz potenzada, de gules, grabada en su tapa y sumado de un cordero, también de plata, que sostiene con su mano izquierda, apoyada en su cuerpo, una bandera del mismo metal, con otra cruz de gules.

Escudo cuartelado: 1º y 4º, en campo de plata, cuatro palos de gules, y 2º y 3º, en campo de plata, un lobo pasante, de sable, terrassado de sinople.

Partido: 1º, de gules con un castillo de plata y 2º, de gules con una imagen de San Juan que sostiene con la mano izquierda una cruz de plata con bandera blanca; a la diestra de la imagen hay un cordero en plata.

Cuartelado: 1º y 4º, en plata, cuatro palos, de gules, y 2º y 3º, en plata, un lobo de su color.

En gules, un brazo desnudo, con un dardo en la mano, de sable.

En oro, un águila, de sable y, en la punta del escudo, ondas de mar de azur y plata.

En oro, cinco bandas onduladas, de azur, cargada cada una de una cotiza, de plata, también ondulada.

De oro, con dos bandas, de sable.

De oro, con ondas, de azur y oro.

En oro, un árbol, de sinople, y un lobo de sable, pasante, atado al tronco con cadenas.

En oro, un águila, de sable, sobre ondas de agua, de azur y plata.

En gules, una cruz floreteada, de oro. Bordura de azur, con seis palomas, de plata.

De plata, dos lobos, de sable peleando.

Cortado: 1º, de oro, con un lobo andante, de sable, cebado de un cordero de plata, 2º, de plata, con una cabeza de hombre degollada, y de carnación, acompañada de dos piñas, de sinople, una a cada lado.