Su origen proviene de las tribus bereberes que vinieron de África.

Apellido de origen toponímico, relativamente frecuente y registrado sobre todo en las provincias de Barcelona, Castellón, Tarragona, Valencia y Lleida, siendo menor su presencia en Girona, Teruel, Zaragoza, Baleares, Madrid, etc. Procede de la villa de Sanahuja o Sanaüja ( Lleida), cuyo étimo, según Coromines, es prerromano y vascoide, de -sa naüja-, del vasco -naba oia-, con el significado de “pleta de la vall”. Ya en el siglo XIII pasaron a la conquista de Valencia varios caballeros Sanahuja (Sanaüja), junto a Jaime I de Aragón, quedando asentados en aquellas tierras, con casas en Xátiva (1248), Calp (1249) y Valencia (1354). Otra muy antigua casa hubo en Vilafranca del Penedés (Barcelona), según lo atestigua la sepultura de Arnaldo Sanaüja existente en la iglesia de San Francesc, que data del año 1249. En el censo catalán de hogares o “Fogatge” de 1553 se citan casas de este apellido en las localidades de Falset, Vallmoll, Ayguamurçia (Tarragona), Sta. Coloma (Vic, Barcelona), etc. Ignacio de Boria y de Sanahuja, natural de Barcelona, Noble, asistente a las Cortes catalanas de 1705 y a la Junta de Brazos de 1713, obtuvo el título de Marqués de Boria del Rey Carlos III de Austria en 1719; sus hermanos, Miguel y José de Boria y Sanahuja, ambos nobles, asistieron a las Cortes de 1705. En Aragón, según consta en el censo de hogares de 1495, había casas de Sanahuja en Caspe, St. Martín de Gállego, Rubielos de Mora, Nonaspe, Fago (Jaca) y Alcañiz.

Armas.- Unos Sanahuja trajeron: En campo de gules, dos leones afrontados, de oro.