Hace referencia a la actual localidad riojana de Nájera que,en épocas mediavales,fue la capital del reino de Navarra durante la segunda dinastía pirenaica,la Jimena.Según Menéndez Pidal y Manuel Lekuona se trata de un vocablo prerromano cuya etimología no ha sido explicada todavía.En tiempos de la conquista árabe se conocen las formas de Nasrá,Naxir,Najirá pero siglos atrás queda documentada su existencia como Nagara,Naggara,Naghara,Naigara,Naiara,lo que corrobora la opinión de los eruditos pues,como resultado de estudios paralelos,tampoco se le encontró filiación alguna con lenguas germánicas(visigodos) o con el latín(romanos).Tampoco tiene relación con el euskera,lengua prerromana e influyente en aquellas tierras durante centenios.Por otra parte,nadie hasta el momento,ha podido establecer una hipótesis que la entronque con lenguas celtas o con el ibero.
Así pues,hasta donde se puede conocer,su origen etimológico permanece en la oscuridad que,en sí misma,ya es bastante problema siendo innecesario el desgaste por el trabajo de desfacedor de los entuertos y fantasías con el que algunos desconsiderados siembran el camino.
Euskaltzaindia(Academia de la Lengua Vasca) lo tiene rocogido como antropónimo femenino en su nomenclátor onomástico.

Naiara o Nayara significa QUERER

NAIARA: Nombre de origen vasco, es una advocación mariana.
La más amada en Latin
La más linda de la tribu en Mapuche

Es cierto que el origen del nombre está en Nájera(La Rioja), pues es la virgen de este bonito pueblo; pero es un nombre vasco, pues debemos remontarnos en dicho origen a cuando Nájera era capital del Reino de Navarra, en la Edad Media; además, es un nombre con una grafía claramente eusquérica(vasca), pues si bien es cierto que cada cual escribe su nombre como quiere, la forma correcta es Naiara(aunque en Nájera escriben Nayara)

El significado naiara es una persona muy bella es decir hermosa muy querida por el señor