Mairena es un apellido que puede tener dos orígenes. Uno vasco, vascuence o euskera. "Mairena", "Maiterena" y "Maturana" son las tres formas de la misma palabra en tres dialectos eusqueras distintos.
Es una construcción de lexema y morfema idéntica a otras como Michelena, Mikelena.

Otro origen pueden ser toponímico pues tanto en Sevilla como en Granada existen pueblos con este nombre. Su forma y su etimología son preislámicas, es decir, existen y pertenecen a la lengua hablada latina del sur de España en la antigua Bética anterior a la invasión musulmana y la arabización del espacio. Es importante resaltar que la forma "Mairena" es una de las que sobrevivieron a la arabización, debido a estar en zonas donde pervivió mayoritariamente la población indígena hispana durante mucho tiempo.

En el caso de Granada, su existencia se puede relacionar con otros topónimos iberizantes que tienen analogías con el euskera actual: el nombre de la antigua Granada o Elvira era "Illiberri", que en euskera actual incluso tienen significado: "pueblo nuevo". También tenemos a la población granadina de "La Zubia" junto a un vado fluvial, que presenta analogía con el término actual euskera "Zubía" que significa "puente".

Por tanto, Mairena es un apellido de etimología hispánica muy antigua, que pueden tenerlo familias de origen vasco (en Andalucía abundan) integradas en los procesos de repoblación castellano-leoneses, y se relaciona tanto con el idioma ibérico-latinizado e incluso con el euskera actual.

Proveniente del norte de Europa es de origen Nordico y la forma original de escritura era MAYRËNECH.