Significa: Lugar de la casa del Agua(del maya há - agua, il – lugar, ná – casa), nombre que alude su ubicación insular. Las primeras evidencias de ocupación humana en el sitio nos remiten al período conocido como Clásico Temprano (años 250 – 600 de nuestra era), y su auge, reflejado en su arquitectura y su producción alfarera, data del Clásico Tardío (años 600 –800).

La población de esta isla estuvo integrada en una organización jerarquizada en que se dedicaba a la guerra, la impartición de justicia, los asuntos políticos, administrativos y religiosos y el comercio, mientras el común del pueblo desarrollaba actividades como la agricultura en las cercanas tierras de la costa, la caza, la pesca y otras tareas cotidianas. Estos roles sociales se ven reflejados en las pequeñas esculturas antropomorfas hechas de barro que se han encontrado en los enterramientos de Jaina, y que le han dado al sitio su justa fama.

El nombre Jayna es de descendencia hindú y significa "esperanza".