Se trata de un topónimo vasco que, también, se encuentra recogido como apellido en el nomenclátor onomástico de Euskaltzaindia (Academia de la Lengua Vasca). Su etimología ofrece dos posibles interpretaciones según el significado de INDA:

(1) Senda, Vereda, Calleja
(2)Pantano. BURU, en este caso, adquiere el valor locativo de "Encima de". Por lo tanto, en el primer caso, resultaría "Encima de la Senda o Sobre la Senda" y, en el segundo, "Encima del Pantano o Sobre el Pantano".

Historia del Apellido Indaburu

De Navarra, con casa solar en el lugar de Azpilcueta, del valle del Baztán y partido de Pamplona.

Procedieron de dicha casa: José Antonio de Indaburu e Iturburrua, natural de Maya, Capitán del Regimiento de Dragones de Numancia y Caballero de la Orden de Santiago, desde el 5 de Noviembre de 1743, y Francisco de Paula de Indaburu y Dolorea, natural de Madrid y Caballero de la Orden de Carlos III, ingresado el 29 de Mayo de 1807.

Muchos linajes de esta denominación probaron su nobleza en las Ordenes de Santiago, Calatrava, Alcántara, Montesa, (corporaciones nacidas para luchar contra los moros, cooperando a la Reconquista, y asegurar el orden, protegiendo a los peregrinos y desvalidos), Carlos III y San Juan de Jerusalén (es una orden religiosa militar fundada en el siglo XI), numerosas veces, en las Reales Chancillería de Valladolid y Granada, en la Real Compañía de Guardias Marinas y en la Real Audiencia de Oviedo. Lorenzo Indaburu, Prócer de la Independencia, nació en Monpox, departamento de Bolívar en 1806, casado con Faustina Acosta el 9 de enero de 1833, en Monpox. Presto servicio militar a la Republica desde 1820 hasta diciembre de 1831. En 1803, llego a Cartagena el Teniente coronel Juan Josef de Indaburu, procedente de Portobelo, siendo designado como comandante de la guarnición de Corozal.

"Armas de Goyeneche e Yndaburu, Marqués de Belzunce y de Ugena" (Archivo General de Navarra. Libro de certificaciones heráldicas) Ambos marquesados se constituyeron, respectivamente, en 1731 y 1735, por orden de Felipe V. Don Juan Xavier de GOYENECHE e INDABURU, nacido en Madrid, era hijo de Don Francisco Miguel de Goyeneche y Doña Antonia de Indaburu y nieto de Don Juan de Goyeneche y Gastón.

Heredó de su padre el marquesado de Belzunce y de su primo Don José Custodio de Barrenechea y Goyeneche, el de Ugena. Fue también Conde de Saceda, Señor de las villas de Illana, Saceda de Trasierra, Olmeda de la Cebolla, Ugena, Torresponzillo y de los lugares de Belzunce y Nuevo Baztán; Regidor y Alcalde Mayor perpetuo honorario de la ciudad de Guadalajara. Casado en 1773, en la parroquia matritense de San Martín, con doña María Xaviera de MÚZQUIZ.

En composición ,situada en posición final,BURU también detenta el valor de 'Extremo,Punta,Borde'. Consecuentemente,también podría interpretarse como'(algo) ubicado al borde de la vereda o senda'. En el mismo sentido,considerando la sonorización T > D (Inta>Inda) estaríamos ante una interpretación análoga pero respecto a un 'pantano'.
En cualquier caso,siempre estaríamos ante un apellido vasco.