Apellido de origen toponímico, poco frecuente y repartido por España, si bien se registra, sobre todo, en Madrid, Ciudad Real y Córdoba, siendo menor su presencia en Málaga, Barcelona, Cádiz, Toledo, Valencia, Navarra, Guadalajara, Alicante, Almería, Baleares, etc.

Procede de la villa de Almoguera (Guadalajara), cuyo nombre tomaron individuos que ran originarios de la misma, según fue costumbre en la Edad Media. Los primeros Almoguera eran originarios de Galicia, con casa solar en Barroso (Orense), desde donde pasaron a Toledo con Barroso, que fue Comendador de Almoguera, el cual trajo a sus parientes, que cambiaron su apellido Barroso por el de Almoguera. El nombre de Almoguera deriva del árabe –almugara-, “la cueva”. Probaron su nobleza para ejercer cargos del Santo Oficio de la Inquisición: Andrés Almoguera Pérez, natural y Familiar del Santo Oficio de Córdoba, para Portero y Oficial, en Córdoba, en 1611; Sebastián de Almoguera Luque, natural de Córdoba, platero de profesión, para Alcaide de la Casa de Penitencia, en Córdoba, en 1814; Fray Sebastián Almoguera y Pastrana, natural de Ingenio de la Nasca, para Calificador, en Lima (Perú), en 1678, y Antonia Almoguera y su marido Francisco García Calvillo, naturales y vecinos de la villa de Herencia, para Familiar, en Toledo, en 1807.

Armas.- El “Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica” recoge: En gules, un castillo de plata, en cuyo homenaje hay un perro con collar de oro en actitud de ladrar. Bordura de oro, con nueve cabezas de moro.